يحل الإندونيسيون مشكلة الاعتراف الرسمي بشهادات المعاهد الإسلامية (البسنتريات) بأن يدرسوا منهجين: منهج الحكومية، ومنهجًا خاصًا يركز في المقررات الشرعية واللغة العربية ويقيم الطلاب في السكن الداخلي للمعهد، والطالبات في المعاهد المخصصة لهن. ومع انَّ هذا النوع من الدراسة بمقابل مالي، وبجهد مضاعف، فإن الإقبال عليه كبير.